MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Halophilic archaeon DL31 plasmid phalar01

Total Repeats: 12616

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015955	CGA	2	6	44	49	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345006828
2	NC_015955	AG	3	6	203	208	50 %	0 %	50 %	0 %	345006828
3	NC_015955	TCA	2	6	222	227	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	345006828
4	NC_015955	ATC	2	6	291	296	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	345006828
5	NC_015955	GAC	2	6	325	330	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345006828
6	NC_015955	TGC	2	6	403	408	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345006828
7	NC_015955	TCA	2	6	462	467	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	345006828
8	NC_015955	TGGG	2	8	487	494	0 %	25 %	75 %	0 %	345006828
9	NC_015955	GTG	2	6	560	565	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	345006828
10	NC_015955	ACTT	2	8	615	622	25 %	50 %	0 %	25 %	345006828
11	NC_015955	TGA	2	6	637	642	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	345006828
12	NC_015955	TTAT	2	8	694	701	25 %	75 %	0 %	0 %	345006828
13	NC_015955	CAA	2	6	738	743	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	345006828
14	NC_015955	AATC	2	8	1507	1514	50 %	25 %	0 %	25 %	345006829
15	NC_015955	TTC	2	6	1527	1532	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	345006829
16	NC_015955	T	6	6	1539	1544	0 %	100 %	0 %	0 %	345006829
17	NC_015955	GAA	2	6	1568	1573	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	345006829
18	NC_015955	CCTTT	2	10	1588	1597	0 %	60 %	0 %	40 %	345006829
19	NC_015955	AGC	2	6	1629	1634	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345006829
20	NC_015955	TTA	2	6	1700	1705	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	345006829
21	NC_015955	TAG	2	6	1751	1756	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	345006829
22	NC_015955	TGC	2	6	1785	1790	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345006829
23	NC_015955	ATA	2	6	1813	1818	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	345006829
24	NC_015955	GAT	2	6	1845	1850	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	345006829
25	NC_015955	CTT	2	6	1853	1858	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	345006829
26	NC_015955	TTG	2	6	1880	1885	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	345006829
27	NC_015955	TAA	2	6	1896	1901	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	345006829
28	NC_015955	T	6	6	1907	1912	0 %	100 %	0 %	0 %	345006829
29	NC_015955	AAT	2	6	2052	2057	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	345006829
30	NC_015955	TCT	2	6	2068	2073	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	345006829
31	NC_015955	TTC	2	6	2303	2308	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	345006830
32	NC_015955	AAT	2	6	2323	2328	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	345006830
33	NC_015955	TCA	2	6	2571	2576	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	345006830
34	NC_015955	GCA	2	6	2577	2582	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345006830
35	NC_015955	AT	3	6	2678	2683	50 %	50 %	0 %	0 %	345006830
36	NC_015955	T	6	6	2706	2711	0 %	100 %	0 %	0 %	345006830
37	NC_015955	TAG	2	6	2720	2725	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	345006830
38	NC_015955	CTT	2	6	2752	2757	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	345006830
39	NC_015955	TAAT	2	8	2785	2792	50 %	50 %	0 %	0 %	345006830
40	NC_015955	ATTT	2	8	2824	2831	25 %	75 %	0 %	0 %	345006830
41	NC_015955	ATG	2	6	2891	2896	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	345006831
42	NC_015955	TCGG	2	8	3019	3026	0 %	25 %	50 %	25 %	345006831
43	NC_015955	TTC	2	6	3031	3036	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	345006831
44	NC_015955	CAG	2	6	3074	3079	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345006831
45	NC_015955	CGA	3	9	3448	3456	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345006832
46	NC_015955	CGC	2	6	3547	3552	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345006832
47	NC_015955	TC	4	8	3666	3673	0 %	50 %	0 %	50 %	345006832
48	NC_015955	CAG	2	6	3767	3772	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345006832
49	NC_015955	CGC	2	6	3778	3783	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345006832
50	NC_015955	ACC	2	6	3866	3871	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	345006832
51	NC_015955	CCG	2	6	3877	3882	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345006832
52	NC_015955	TTCC	2	8	3914	3921	0 %	50 %	0 %	50 %	345006832
53	NC_015955	GAC	3	9	3986	3994	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345006832
54	NC_015955	CCG	2	6	4035	4040	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345006832
55	NC_015955	CTG	2	6	4055	4060	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345006832
56	NC_015955	GCC	2	6	4094	4099	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345006832
57	NC_015955	GAT	2	6	4106	4111	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	345006832
58	NC_015955	GAC	2	6	4127	4132	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345006832
59	NC_015955	GTC	2	6	4139	4144	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345006832
60	NC_015955	CGA	2	6	4180	4185	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345006832
61	NC_015955	ACC	2	6	4194	4199	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	345006832
62	NC_015955	TCT	2	6	4257	4262	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	345006832
63	NC_015955	CGA	2	6	4300	4305	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345006832
64	NC_015955	GAA	2	6	4318	4323	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	345006832
65	NC_015955	GGA	2	6	4348	4353	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	345006832
66	NC_015955	CG	3	6	4378	4383	0 %	0 %	50 %	50 %	345006832
67	NC_015955	GA	3	6	4387	4392	50 %	0 %	50 %	0 %	345006832
68	NC_015955	AGA	2	6	4401	4406	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	345006832
69	NC_015955	CGG	2	6	4457	4462	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345006832
70	NC_015955	CAG	2	6	4593	4598	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345006832
71	NC_015955	TAC	2	6	4652	4657	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	345006832
72	NC_015955	CGA	2	6	4669	4674	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345006832
73	NC_015955	TCT	2	6	4778	4783	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	345006833
74	NC_015955	CCCAT	2	10	4795	4804	20 %	20 %	0 %	60 %	345006833
75	NC_015955	GATG	2	8	4865	4872	25 %	25 %	50 %	0 %	345006833
76	NC_015955	CAT	2	6	4905	4910	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	345006833
77	NC_015955	GCG	2	6	4997	5002	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345006833
78	NC_015955	GGGT	2	8	5020	5027	0 %	25 %	75 %	0 %	345006833
79	NC_015955	CT	4	8	5121	5128	0 %	50 %	0 %	50 %	345006833
80	NC_015955	CAA	2	6	5140	5145	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	345006833
81	NC_015955	GTT	2	6	5157	5162	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	345006833
82	NC_015955	TGAA	2	8	5169	5176	50 %	25 %	25 %	0 %	345006833
83	NC_015955	GAG	2	6	5221	5226	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	345006833
84	NC_015955	CAA	2	6	5307	5312	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	345006833
85	NC_015955	CCG	2	6	5387	5392	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345006833
86	NC_015955	TTC	2	6	5423	5428	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	345006833
87	NC_015955	AAT	2	6	5494	5499	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	345006833
88	NC_015955	CCA	2	6	5884	5889	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	345006834
89	NC_015955	TGA	2	6	5924	5929	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	345006834
90	NC_015955	GCCAC	2	10	5944	5953	20 %	0 %	20 %	60 %	345006834
91	NC_015955	CGA	2	6	5960	5965	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345006834
92	NC_015955	AC	3	6	6134	6139	50 %	0 %	0 %	50 %	345006835
93	NC_015955	TTG	2	6	6141	6146	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	345006835
94	NC_015955	TTA	2	6	6252	6257	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	345006835
95	NC_015955	TAA	2	6	6346	6351	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	345006835
96	NC_015955	CCA	2	6	6362	6367	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	345006835
97	NC_015955	CTC	2	6	6379	6384	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	345006835
98	NC_015955	CAA	2	6	6391	6396	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	345006835
99	NC_015955	CTC	2	6	6449	6454	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	345006835
100	NC_015955	ACA	2	6	6509	6514	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	345006835
101	NC_015955	AG	4	8	6576	6583	50 %	0 %	50 %	0 %	345006835
102	NC_015955	GAA	2	6	6662	6667	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	345006835
103	NC_015955	AGA	2	6	6772	6777	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	345006835
104	NC_015955	AC	4	8	6779	6786	50 %	0 %	0 %	50 %	345006835
105	NC_015955	GCC	2	6	6852	6857	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345006835
106	NC_015955	TCC	2	6	6882	6887	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	345006835
107	NC_015955	CTA	2	6	6904	6909	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	345006835
108	NC_015955	TCG	2	6	6978	6983	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345006835
109	NC_015955	A	6	6	7031	7036	100 %	0 %	0 %	0 %	345006835
110	NC_015955	GCTG	2	8	7088	7095	0 %	25 %	50 %	25 %	345006835
111	NC_015955	GCG	2	6	7125	7130	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345006835
112	NC_015955	CAC	2	6	7145	7150	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	345006835
113	NC_015955	ATA	2	6	7203	7208	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	345006835
114	NC_015955	GAAC	2	8	7234	7241	50 %	0 %	25 %	25 %	345006835
115	NC_015955	CAT	2	6	7249	7254	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	345006835
116	NC_015955	GCC	2	6	7316	7321	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	345006835
117	NC_015955	TTC	2	6	7349	7354	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	345006835
118	NC_015955	AGA	2	6	7411	7416	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	345006835
119	NC_015955	GTA	2	6	7419	7424	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	345006835
120	NC_015955	ACG	2	6	7467	7472	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345006835
121	NC_015955	ACG	2	6	7511	7516	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345006835
122	NC_015955	ACT	2	6	7609	7614	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	345006835
123	NC_015955	CT	3	6	7737	7742	0 %	50 %	0 %	50 %	345006835
124	NC_015955	ACT	2	6	7747	7752	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	345006835
125	NC_015955	A	6	6	8120	8125	100 %	0 %	0 %	0 %	345006836
126	NC_015955	GAT	2	6	8204	8209	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	345006836
127	NC_015955	ACT	2	6	8279	8284	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	345006836
128	NC_015955	TCA	2	6	8306	8311	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	345006836
129	NC_015955	CGAG	2	8	8325	8332	25 %	0 %	50 %	25 %	345006836
130	NC_015955	CAGA	2	8	8373	8380	50 %	0 %	25 %	25 %	345006836
131	NC_015955	TAC	2	6	8408	8413	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	345006836
132	NC_015955	TC	3	6	8462	8467	0 %	50 %	0 %	50 %	345006836
133	NC_015955	CAG	2	6	8489	8494	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345006836
134	NC_015955	AAG	2	6	8544	8549	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	345006836
135	NC_015955	CT	3	6	8563	8568	0 %	50 %	0 %	50 %	345006836
136	NC_015955	GAT	2	6	8765	8770	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	345006836
137	NC_015955	AG	3	6	8773	8778	50 %	0 %	50 %	0 %	345006836
138	NC_015955	TCAA	2	8	8781	8788	50 %	25 %	0 %	25 %	345006836
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140	NC_015955	TGT	2	6	8835	8840	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	345006836
141	NC_015955	AGA	2	6	8875	8880	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	345006836
142	NC_015955	TGA	2	6	9132	9137	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	345006837
143	NC_015955	TG	3	6	9153	9158	0 %	50 %	50 %	0 %	345006837
144	NC_015955	GAA	2	6	9184	9189	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	345006837
145	NC_015955	A	7	7	9197	9203	100 %	0 %	0 %	0 %	345006837
146	NC_015955	AG	3	6	9207	9212	50 %	0 %	50 %	0 %	345006837
147	NC_015955	TTTCC	2	10	9296	9305	0 %	60 %	0 %	40 %	345006837
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149	NC_015955	CAA	2	6	9368	9373	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	345006837
150	NC_015955	GCT	2	6	9385	9390	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345006837
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152	NC_015955	AC	3	6	9530	9535	50 %	0 %	0 %	50 %	345006837
153	NC_015955	TTGC	2	8	9565	9572	0 %	50 %	25 %	25 %	345006837
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158	NC_015955	TCA	2	6	9731	9736	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	345006837
159	NC_015955	AAG	2	6	9800	9805	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	345006837
160	NC_015955	A	7	7	9829	9835	100 %	0 %	0 %	0 %	345006837
161	NC_015955	TGA	3	9	9957	9965	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	345006837
162	NC_015955	AAG	2	6	9991	9996	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	345006837
163	NC_015955	GTG	2	6	10055	10060	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	345006837
164	NC_015955	AAT	2	6	10062	10067	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	345006837
165	NC_015955	CTT	2	6	10072	10077	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	345006837
166	NC_015955	ATT	2	6	10420	10425	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	345006838
167	NC_015955	CCT	2	6	10514	10519	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	345006838
168	NC_015955	AC	3	6	10529	10534	50 %	0 %	0 %	50 %	345006838
169	NC_015955	CAGG	2	8	10542	10549	25 %	0 %	50 %	25 %	345006838
170	NC_015955	TGC	2	6	10592	10597	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	345006838
171	NC_015955	AGA	2	6	10655	10660	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	345006838
172	NC_015955	TTC	2	6	10842	10847	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	345006839
173	NC_015955	TGA	2	6	10850	10855	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	345006839
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241	NC_015955	ACG	2	6	14494	14499	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345006840
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245	NC_015955	ACG	2	6	14640	14645	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	345006840
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248	NC_015955	GCG	2	6	14718	14723	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	345006840
249	NC_015955	ATT	2	6	14729	14734	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	345006840
250	NC_015955	TGACCT	2	12	14779	14790	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	345006840
251	NC_015955	GAT	2	6	14857	14862	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	345006840
252	NC_015955	GAA	2	6	14891	14896	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	345006840
253	NC_015955	GGAA	2	8	14899	14906	50 %	0 %	50 %	0 %	345006840
254	NC_015955	TGA	2	6	14929	14934	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	345006840
255	NC_015955	GAT	2	6	14963	14968	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	345006840
256	NC_015955	GTCA	2	8	15102	15109	25 %	25 %	25 %	25 %	345006841
257	NC_015955	T	7	7	15111	15117	0 %	100 %	0 %	0 %	345006841
258	NC_015955	AT	3	6	15134	15139	50 %	50 %	0 %	0 %	345006841
259	NC_015955	CTT	2	6	15180	15185	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	345006841
260	NC_015955	TTC	2	6	15275	15280	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	345006841
261	NC_015955	T	6	6	15309	15314	0 %	100 %	0 %	0 %	345006841
262	NC_015955	TCC	2	6	15332	15337	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	345006841
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387	NC_015955	CCGA	2	8	21481	21488	25 %	0 %	25 %	50 %	345006844
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